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Das Nexus 5 meines Vaters zeigt in Android weit über 1000% an. Gehe ich in das Recovery, wird der richtige angezeigt. Eine Kalibrierung hat noch nicht geholfen.
Vermutlich hat die App, die Du da benutzt, eine falsche Kapazität für das Gerät hinterlegt, oder sie liest die Kapazität falsch aus. Versuche es mal mit einer anderen App oder installiere sie testweise neu..
Ich würde mal in den Recovery Modus booten: Im ausgeschalteten Zustand 'Lautstärker leiser' + 'Power' gedrückt halten. Dann mit den Lautstärketasten zum Recovery Menü navigieren und mit 'Power' bestätigen.
Falls "no command" erscheint: 'Power' gedrückt halten und einmal 'Lautstärker lauter' drücken.
Im Recovery Modus dann den "Cache" löschen. Ich glaube dort werden auch Teile der Akku Informationen gespeichert. Nicht auf Werkseinstellungen setzen, sonst sind alle Daten weg!